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hy 联川生物 2022-05-21

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上期给大说过想做lncRNA研究,需要注意非常重要的两点:一是研究的物种必须有参考基因组;二是这个物种能做去除核糖体RNA(rRNA)处理,同时满足这两个条件即可。


上期讲的lncRNA研究中参考基因组的查找方法解决了第一个问题,今天就来给大家解决第二个问题,关于lncRNA的一些介绍在上期中做过介绍,今天就不赘述,直接进入正题:哪些物种能做去除核糖体RNA(rRNA)处理?


解决这个问题,需要能做去除核糖体RNA(rRNA)的试剂盒,联川目前使用的是epicentre去核糖体试剂盒,目前使用的较多的是如下几款试剂盒,小编对此试剂盒适用的物种进行了整理和分类,具体内容如下:


1. Ribo-Zero™ Magnetic Gold Kit(Human/Mouse/Rat)/ Ribo-Zero™ Magnetic Kit (Human/Mouse/Rat) 试剂盒兼容的物种类型有:冈比亚按蚊、意蜂(蜜蜂)、黑曲霉、担子菌类真菌、秀丽隐杆线虫(C. elegans)、白色念珠菌、美洲家朱雀(雀类)、玻璃海鞘、母牛、新型隐球菌、犬科动物、果蝇属昆虫(果蝇)、马科动物(马)、原鸡(鸡)、人类、七鳃鳗……


2. Ribo-Zero™ Magnetic Kit (Bacteria) 试剂盒兼容的物种类型有:棕色固氮菌、枯草芽孢杆菌、普通拟杆菌、流产布鲁氏菌、汉赛巴尔通体细菌、伯氏疏螺旋体、乳酪短杆菌、类鼻疽伯克氏菌、空肠弯曲杆菌、色盐杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、杨氏梭菌、谷氨酸棒杆菌、乳酪棒杆菌、蓝细菌、耐辐射球菌、玫瑰杆菌、直肠真杆菌、大肠杆菌、梨火疫病原细菌、产琥珀酸丝状杆菌、弗兰西斯菌、金属还原地杆菌……


3. Ribo-Zero™ Magnetic Kit (Plant Leaf)/Ribo-Zero™Magnetic Kit (Plant Seed/Root) 试剂盒兼容的物种类型有:拟南芥、衣藻(绿藻类)、鹰嘴豆、臭叶木属植物(矮镜树)、棉花、葡萄树、金银花(日本忍冬)、毛叶苹(田字草)、玉米、越南香菜、藓类植物(苔藓)、微型原甲藻、稻谷、番茄(西红柿)、大豆、葱……


试剂盒兼容的物种类型有:加特隐球酵母、新型隐球菌、汉逊酵母、乳酸克鲁维链酵母、酿酒酵母……


以上仅为部分整理内容,具体的试剂盒请参考如下查找方法:

1.打开epicentre网站:;点击左上角红框“Applications”:


2.点击“Applications”出现如下页面;点击红色方框中“click here”:


3.点击“click here”后出现如下页面,点击红色方框中“Selection Guide“:

 

4.点击 “Selection Guide“后出现如下页面,红色方框内即为所以去核糖体RNA试剂盒:

 


5.所有试剂盒列表,点击最下面的”Yeast“:


6. 点击”Yeast“出现如下页面,红色方框内有相关的试剂盒说明:


7.试剂盒说明点开后出现如下页面,可选择感兴趣的内容进行查看:


本期的内容就讲到这里了,有问题的伙伴可以留言给小编,大家一起讨论~

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